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1、自然沉降法
自然沉降法是1881年由德国细菌学家Koch建立的，它是让测定区域空气中的微生物气溶胶颗粒由于重力作用，在一定时间内逐步沉降到带有培养介质平板内的一种采样方法。自然沉降法是空气中微生物气溶胶采集常用的方法之一，我国的医疗卫生机构在调查空气中微生物气溶胶的分布和粒谱时也常常选择自然沉降法，因为它使用方便，操作简单，经济，能够初步了解某环境空气中细菌的污染状况。
2、撞击法
撞击法是指空气中微生物气溶胶颗粒获得足够的惯性后，脱离气流撞击于固体平板上的一种采样方法，这类采样器能作空气微生物的定量测定。
固体撞击式采样器常见的是安德森（Andersen）采样器。此外，还有我国自行研制的JWL型采样器、THK系列和MTM系列采样器、英国的Casella裂隙式采样器等。
Andersen采样器是一种6级筛板式空气微生物采样器，通过模拟人体呼吸道的结构及空气动力学特征进行采样。Andersen采样器由6个带有400个微细圆形孔的金属撞击圆盘组成，每个圆盘的圆孔孔径由上到下递减，而气流速度则由上到下递增，盘下放置装有培养基的平板，使空气微生物气溶胶颗粒按其大小逐级撞击在6层培养基平板上。
Andersen采样器各级捕获的微粒直径为：第1级＞7.0μm；第2级4.7~7.0μm；第3级3.3~4.7μm；第4级2.1~3.3μm；第5级1.1~2.1μm；第6级0.65~1.1μm。
3、冲击法
冲击式采样器中常用的是液体冲击式采样器Porton采样器、AGI-30采样器、Shipe采样器和多级液体撞击式采样器等。
Porton采样器是由英国生物研究中心Porton制造的，它使用方便、价格低廉、易消毒、可以反复使用、有效地延伸了采样器的检测范围，适用于高浓度的空气微生物采样。此外，采样液的保护作用使得Porton采样器可以采集到脆弱的微生物，如病毒和立克次氏体的采样。由于采样器采集的是液体样本，使用者可以随时对样本进行检测，了解空气中微生物的构成，测出空气中活微生物数量。
Porton采样器采集的是液体样本，所以可以同时进行多种实验，选用不同的测定方法分别分析。此外，可以加入适宜的营养液或保存液于液体样本中，使微生物能长期保存。
空气微生物采样器的选择应该结合采样目的、对象和环境、采样器的灵敏性等情况，同时能尽可能反映样本的原始状态来综合判断。
